Biology:Lachnospiraceae
The Lachnospiraceae are a family of obligately anaerobic, variably spore-forming bacteria in the order Eubacteriales that ferment diverse plant polysaccharides[1] to short-chain fatty acids (butyrate, acetate) and alcohols (ethanol). These bacteria are among the most abundant taxa in the rumen[2] and the human gut microbiota.[3][4][5][6] Members of this family may protect against colon cancer in humans by producing butyric acid.[7][8] Lachnospiraceae have been found to contribute to diabetes in genetically susceptible (ob/ob) germ-free mice.[9]
Phylogeny
The currently accepted taxonomy is based on the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[10] and National Center for Biotechnology Information (NCBI)[11]
| 16S rRNA based LTP_10_2024[12][13][14] | 120 marker proteins based GTDB 09-RS220[15][16][17] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Unassinged genera:
- "Africanella" Alou, Fournier & Raoult 2016 non Vermeij & Houart, 1999
- Anaerolentibacter Yan et al. 2024
- Anaerotaenia Ueki et al. 2016
- Chakrabartyella Pardesi et al. 2023
- "Ca. Colinaster" Gilroy et al. 2022
- "Ca. Darwinimomas" Gilroy et al. 2022
- "Ca. Epulonipiscioides" Ngugi et al. 2017 corrig. Oren et al. 2020
- "Ca. Equihabitans" Gilroy et al. 2022
- Fusibacillus Bai et al. 2024 non Pribram 1929
- "Fusimonas" Kusada et al. 2017
- "Gluceribacter" corrig. Kawata et al. 2021
- "Ca. Hippenecus" Gilroy et al. 2022
- Hoministercoradaptatus Hitch et al. 2022
- Howardella Cook et al. 2007
- "Ca. Lachnocurva" Holm et al. 2020
- "Maccoya" Hitch et al. 2024
- "Ca. Merdinaster" Gilroy et al. 2022
- "Ca. Minthocola" Gilroy et al. 2022
- "Naizhengia" Huang et al. 2024
- "Sakamotonia" Hitch et al. 2024
- "Sanxizhangella" Huang et al. 2024
- Suonthocola Hitch et al. 2022
- Sporobacterium Mechichi et al. 1999[3]
- Syntrophococcus Krumholz & Bryant 1986
- "Weimerbacter" Scarborough et al. 2019
- "Yonghella" Huang et al. 2024
References
- ↑ Boutard, M; Cerisy, T (13 November 2014). "Functional Diversity of Carbohydrate-Active Enzymes Enabling a Bacterium to Ferment Plant Biomass". PLOS Genetics 10 (11). doi:10.1371/journal.pgen.1004773. PMID 25393313.
- ↑ Seshadri, R; Leahy, SC (19 March 2018). "Cultivation and sequencing of rumen microbiome members from the Hungate1000 Collection". Nature Biotechnology 36 (4): 359–367. doi:10.1038/nbt.4110. PMID 29553575.
- ↑ 3.0 3.1 3.2 3.3 eol
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- ↑ UniProt
- ↑ Paul De Vos, ed (2009). Bergey's manual of systematic bacteriology. (2nd ed.). Dordrecht: Springer. ISBN 978-0-387-68489-5.
- ↑ Meehan, C. J.; Beiko, R. G. (12 March 2014). "A Phylogenomic View of Ecological Specialization in the Lachnospiraceae, a Family of Digestive Tract-Associated Bacteria". Genome Biology and Evolution 6 (3): 703–713. doi:10.1093/gbe/evu050. PMID 24625961.
- ↑ Xia, Li C.; Liu, Gang; Gao, Yingxin; Li, Xiaoxin; Pan, Hongfei; Ai, Dongmei (2019). "Identifying Gut Microbiota Associated With Colorectal Cancer Using a Zero-Inflated Lognormal Model" (in English). Frontiers in Microbiology 10: 826. doi:10.3389/fmicb.2019.00826. ISSN 1664-302X. PMID 31068913.
- ↑ Kameyama, Keishi; Itoh, Kikuji (2014). "Intestinal Colonization by a Lachnospiraceae Bacterium Contributes to the Development of Diabetes in Obese Mice". Microbes and Environments 29 (4): 427–430. doi:10.1264/jsme2.ME14054. ISSN 1342-6311. PMID 25283478.
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- ↑ "The LTP". https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/#LTP.
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- ↑ "LTP_10_2024 Release Notes". https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/LTP_10_2024_release_notes.pdf.
- ↑ "GTDB release 09-RS220". https://gtdb.ecogenomic.org/about#4%7C.
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- ↑ UniProt
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Further reading
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Wikispecies has information related to Lachnospiraceae |
- Newton, R. J.; VandeWalle, J. L.; Borchardt, M. A.; Gorelick, M. H.; McLellan, S. L. (29 July 2011). "Lachnospiraceae and Bacteroidales Alternative Fecal Indicators Reveal Chronic Human Sewage Contamination in an Urban Harbor". Applied and Environmental Microbiology 77 (19): 6972–6981. doi:10.1128/AEM.05480-11. PMID 21803887. Bibcode: 2011ApEnM..77.6972N.
- Kameyama, Keishi; Itoh, Kikuji (2014). "Intestinal Colonization by a Lachnospiraceae Bacterium Contributes to the Development of Diabetes in Obese Mice". Microbes and Environments 29 (4): 427–430. doi:10.1264/jsme2.ME14054. PMID 25283478.
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- Almeida, edited by Susan S. Cho, Nelson (2012). Dietary fiber and health. Boca Raton: CRC Press. ISBN 978-1-4398-9929-8.
- Olsen, LeighAnne; Choffnes, Eileen R.; Academies, Alison Mack, rapporteurs ; Forum on Microbial Threats, Board on Global Health, Institute of Medicine of the National (2012). The social biology of microbial communities: workshop summary. Washington, D.C.: National Academies Press. ISBN 978-0-309-26432-7.
- Nelson, Karen E.; Peterson, editor ; foreword by Jane L.; Garges, Susan (2011). Metagenomics of the human body. New York: Springer. ISBN 978-1-4419-7089-3.
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